Die Schule bietet alle Voraussetzungen für erfolgreiches Lernen sowie erlebnisreiche Freizeitgestaltung für sportlich interessierte Schüler*innen, die in einer ruhigen und freundlichen Atmosphäre lernen möchten und in ihrer Sportart zu herausragenden Leistungen befähigt werden wollen. Zu den Stärken unserer Schule zählen die konsequente und individuelle Förderung für Kadersportler*innen, die enge Zusammenarbeit mit dem Olympiastützpunkt, dem Landessportbund Berlin und dessen Verbänden sowie den Vereinen.
Die Organisation des Schul- und Trainingsbetriebs und deren Koordination sowie eine schnelle und unbürokratische Förderung sichern eine optimale Leistungsentwicklung auf schulischem und sportlichem Gebiet. Voraussetzungen dafür sind unter anderem das Aufstellen von Förderplänen für Sportler*innen, die enge Zusammenarbeit von Lehrkräften, Trainer*innen, Eltern und Erzieher*innen sowie die Unterstützung bei Wettkämpfen und Trainingslagern.
Höhepunkte des Schuljahres sind der alljährliche Flatow-Cup der Wassersportler und der Fußballer. Unter der Schirmherrschaft des Fördervereins der Flatow-Oberschule finden Wettkämpfe in den Disziplinen Kanu, Rudern und Segeln an der traditionsreichen Regattastrecke in Berlin-Grünau immer Mitte September statt. Das Fußballturnier findet in der Halle des 1. FC Union im November statt.
Ein weiterer Höhepunkt unserer Schule ist die alljährlich stattfindende Sportlerehrung und das gemeinsame Weihnachtssingen am letzten Schultag vor den Weihnachtsferien. Für den Sportunterricht steht uns eine moderne Sporthalle mit Kraft- und Ergometerraum auf dem Schulgelände zur Verfügung. Es werden auch Sportplätze der Umgebung genutzt. Des Weiteren besteht eine enge Kooperation mit den traditionellen Köpenicker Wassersport- und Fußballvereinen.
Für Athleten*innen, die einen langen Anfahrtsweg zur Schule haben, besteht die Möglichkeit im Internat (Grünau) ein Zimmer zu beziehen.